Fattighospitalet Vartov, opført 1724-1744 voksede eksplosivt og der var ikke længere plads til at forrette kirkelige handlinger i sygestuerne. Hospitalsdirektionen vedtog at opføre en ny kirke i
Vartov kirke blev opført som en konsekvens af, at Vartov fattighospitalet ikke længere kunne rumme både patienter og kirkelige handlinger. Behovet for pleje var enormt, og hospitalsdirektionen vedtog i 1753, for at give plads til flere fattiglemmer, at opføre en ny kirke i forlængelse af Løngangstræde fløjen. I 1755 var det således slut med at overvære gudstjenesten fra sygesengen i den integrerede syge- og kirkesal, og beboerne fik i stedet en helt ny kirke. Inventaret, dvs. altertavle prædikestol og andet løsøre fra den gamle kirke blev genbrugt, og findes den dag i dag i kirken.
Erik Møller Arkitekter har udført en gennemgribende restaurering af kirkens unikke interiør. Det store alterparti, hvor prædikestolen er bygget ind i altertavlen, fremstod før restaureringen slapt og nedslidt, ødelagt af mange hårdhændede ombygninger. Alteret blev taget ned i sektioner, som hver især blev restaureret, først hos snedkeren og siden hen hos malerkonservatoren.
I dag har alterpartiet genvundet fordums glans og står som kirkens strålende midtpunkt, marmoreret og forgyldt. Kirkens forhen meget lyse farveholdning er blevet strammet op og knæfaldet nyfortolket med udgangspunkt i det oprindelige.